O Manga se passa paralelamente entre o final de Kingdom Hearts, Kingdom Hearts Chain of Mamories e se conclui antes do começo de Kingdom Hearts II se focando no personagem Roxas. Roxas é um Nobody originário de Sora, protagonista da franquia. A historia segue Roxas desde sua entrada na Organization XII, seus melhores amigos tambem membros da Organization, Xion e Axel e sua saída da Organization, que cumina nos primeiros atos de Kingdom Hearts II, onde ele começa como personagem principal, passando a vez para Sora logo em seguida.